联系我们
首页
科技服务
单细胞测序
10x Genomics单细胞转录组测序
10x Genomics单细胞免疫组库测序
10x Genomics单细胞ATAC测序
Smart-seq2单细胞转录组测序
空间组学
10x Visium 空间转录组
Stereo-seq 空间转录组
DNA测序
人重测序
外显子测序
动植物全基因重测序
遗传图谱
BSA性状定位
全基因组关联分析(GWAS)
RNA测序
真核无参转录组
真核有参转录组
原核转录组
Lnc RNA测序
Small RNA测序
有参三代全长转录组
无参三代全长转录组
Ribo-seq（翻译组测序）
微生物测序
meta扩增子测序分析
宏基因组测序分析
细菌基因组测序分析
真菌基因组测序分析
原核转录组测序分析
表观测序
BS测序
ATAC测序
DAP-seq
代谢物质谱检测
非靶向代谢组
广泛靶向代谢组
靶向代谢组
蛋白质谱检测
蛋白组非标记定量分析
OM商城
云工具
客户送样系统
合作文章
人才招聘
关于基迪奥
简介
团队
成果
平台介绍
合作伙伴
新闻动态
关于基迪奥
简介
团队
成果
平台介绍
合作伙伴
新闻动态
【原创】2篇文献揭示甲基化调控新方式 返回
除了miRNA的转录后调控备受关注，转录组前调控，例如甲基化也备受关注。根据技术标准以及经费预算，甲基化研究有以下4种测序策略供选择。
这几种甲基化测序的方法精度不同，BS测序最全面而且精度也最高，已经有研究表明，甲基化的三种motif功能并不相同。
DNA甲基化位点三种不同的motif类型（CG，CHG，CHH），已经有很多研究表明在个体内的调控机理和功能并不相同。
因此，甲基化调控的机制，比我们想的要复杂。要解释这个问题，研究人员往往需要使用多组学关联的策略。话不多说，我们以两篇文献案例跟大家分享多组学怎么研究甲基化调控问题。
案例1
这是2013年一篇很有意思的报道，文章研究的motif为CHH岛，本文做了全基因组BS、表达谱、小RNA三个组学。
材料特点：受精前的玉米穗外层，细胞形态多样，处于甲基化调控活跃期。
测序策略：全基因组BS、表达谱、小RNA
研究目的
1）siRNA对甲基化的调控方式；
2）CHH在转录组调控中的作用；
主要发现
1. siRNA介导的DNA甲基化（RdDM）在基因区富集
1）siRNA在基因区附近富集；
2）基因区附近的CHH甲基化上调；
3）基因表达量与CHH甲基化正相关；
2. RdDM富集在近基因区转座子
推断：提出CHH 是表观调控绝缘子
文章的发现可能颠覆我们以往对甲基化效应的认识，例如：
1）基因上游CHH甲基化是普遍上调的，而我们通常认为基因区上游甲基化率是下降，以便利于启动转录；
2）基因表达量与其对应启动子区的CHH甲基化正相关，这和我们的认识也相反，甲基化应该是抑制转录；
而这些发现的前提是，将CHH与CG、CHG分离开统计，才能发现这样的规律，否则CHH的信号会淹没在总体的甲基化信号中；我们有类似的案例，玉米种子MeDIP测序，无法发现的这样的规律的，原因就是如此；
因此，我们在开篇表格中讲到BS的优势——区分三类motif，是具有生物学意义的。
回到这篇文章，作者提出了一个很有意思的观点：
提出CHH 是表观调控绝缘子，保证编码基因被转录的同时，启动子附近的转座子不会被随意激活。这也是本文亮点所在。
案例2
再来看看今年另外一篇《Genome Reserch》文章
材料特点：父母本（B73，Mo17）、9株重组自交系的种子
测序策略：全基因组BS、表达谱、小RNA
研究目的
1）siRNA对甲基化的调控方式；
2）各类motif对转录的影响；
3）DMR的遗传模式；
这里有一点要注意，转录组前调控和转录后调控也不是绝对的。例如siRNA即参与转录后调控，但很多研究表明，其也参与转录前调控；
主要发现
1）RdDM主要和24nt siRNA相关（尤其为CHH)
2）基因body区的甲基化与阻止逆转录相关（CG）；
3）变剪切位点甲基化与抑制可变剪切相关（CHG）；
4）DMR的遗传：大部分稳定遗传（6Mb），但一部分出现变化（0.9Mb)。
（备注：品系特异的甲基化位点遗传模式十分稳定）
文章也发现，不同的motif效应的确是不同的；还发现甲基化在自交8代后，依然大部分稳定遗传；但同时也会有一些变化；在逆转录转座子mutator插入位点附近，发现增高甲基化的趋势。
小结
所以对于研究甲基化转录调控来说，单一组学往往不能完美说明生物学问题，多种组学串联更能提升文章档次。建议做甲基化转录调控的老师可以精读这两篇文献。
更多基迪奥的原创文章，可继续关注我们网站动态发布，同时关注基迪奥微信~扫一扫添加基迪奥好友~随时随地关注行业动态！
【上一篇】基迪奥定制化后续分析服务
【下一篇】基迪奥生物2016年校招
在线客服
在线客服
微信客服
电话
020-39341079
返回顶部
020-39340225
service@genedenovo.com
科技服务
单细胞测序
空间转录组
翻译组测序
ATAC测序
转录组测序
OM商城
云平台
在线工具
视频教程
原创书
生信培训班
生信论坛
关于基迪奥
基迪奥简介
团队
成果
平台
加入我们
校园招聘
社会招聘
基迪奥公众号
SCIPainter公众号
Copyright 2025 All rights reserved.粤ICP备12019869号-2 Powered by GENEDENOVO
粤公网安备
44011202001819号